Strawberry Data Hub for DeepSeek Harness

将 Strawberry Data Hub 的草莓研究数据接入 DeepSeek Harness（DSH）。通过自然语言查询文献、解析基因、查看多组学上下文，并下载经过校验的 FASTA 序列。

首个公开测试版本：0.1.0-beta.1。

功能

工具	功能
sdh_literature_search	检索草莓研究文献，保留 DOI、证据标识与研究材料
sdh_gene_resolve	按基因 ID 解析物种及组装版本，多候选时支持追问
sdh_gene_context	查询功能注释及可用的表达、表观组等上下文
sdh_sequence_fetch	查询蛋白／CDS 元数据并校验序列
sdh_sequence_export	生成 FASTA 文件，提供附件及本机 Web 下载链接
sdh_data_catalog	浏览基因组及其他数据资源目录
sdh_evidence_check	核对结构化声明的证据 ID、DOI、原文摘录及数字字面匹配

基因查询使用“基因 ID + 物种 + 组装版本”精确定位。序列导出直接使用服务端原始序列，校验序列长度、字符集、SHA-256及写入后的文件字节。新文件使用独立文件名。

安装

需要 Node.js 24 或更新版本，以及已配置模型的 DSH。当前验证环境为 Windows、Node 24、DSH CLI / dsh-tools 0.1.5-rc.2。

npm 版本发布后，安装到独立配置：

dsh plugin --profile strawberry add [email protected]
dsh --profile strawberry --dump-config
dsh --profile strawberry

也可使用下载的发行包：

dsh plugin --profile strawberry add ./dsh-strawberry-data-hub-0.1.0-beta.1.tgz

将 strawberry 换为已有配置名称，可安装到自己的 DSH 配置。Web 使用者请使用已启用 Web 的配置。模型账号由 DSH 管理。

使用示例

安装后，可以直接向 DSH 提问：

检索 FvSTOP1 调控草莓花青素的研究，列出研究材料和 DOI。

查询 FvesChr6G00057790.1，物种 Fragaria vesca，组装 v6.0(Horticulture Research. 2023) 的注释和表达信息。

导出上述基因的蛋白和 CDS 到一个 FASTA 文件，并提供下载链接。

查看草莓数据库有哪些基因组资源，区分草莓和病原体。

对文献中的定量结果做结构化证据检查，列出数值、单位、材料、具体对照和来源。

配置

默认服务地址为 Strawberry Data Hub。默认请求超时45秒，无需向插件传入网站模型密钥。

在对应 profile 的 cordis.patch.yml 中可配置：

- id: strawberry-data-hub
  config:
    baseUrl: https://sci.hainanu.edu.cn/strawberry/
    timeoutMs: 45000
    researchOnly: true

researchOnly 为可选设置，默认关闭。开启后，该配置仅允许七项 SDH 工具及 ask_user_question，适合草莓研究专用环境。

timeoutMs 范围为100–120000毫秒。服务地址由本地配置决定。遇到限流时，请稍后重新请求。

数据与结果说明

• 文献结果保留来源、研究条件和检索范围；记录数表示本次返回的数据。
• 证据检查核对来源标识、原文摘录及数值字面一致性。检索快照仅供同一会话使用，保留最近8次检索，30分钟有效。
• 蛋白字符数包含 *；氨基酸残基数不包含 *。CDS长度按核苷酸字符计数。
• 序列 SHA-256 对应原始序列字符；文件 SHA-256 对应完整 FASTA 字节。
• 数据和文献按各自来源的许可使用；本软件包分发插件代码，不包含数据库或文献语料。

开发

npm ci --ignore-scripts
npm test
npm run smoke:live
npm pack

npm test 运行离线测试；smoke:live 顺序查询真实服务，需要网络，不调用生成模型。

已覆盖工具注册、输入校验、精确组装匹配、序列及文件校验、取消与超时、证据快照隔离等测试。版本更新见 CHANGELOG.md。

许可证与反馈

插件代码采用 MIT License。数据及文献遵循各自来源的许可。

使用问题与建议请提交至 GitHub Issues。